La storia è un prequel del videogioco Assassin's Creed II. È incentrato sul padre del personaggio principale del gioco, Ezio Auditore da Firenze. Giovanni è un assassino che vive durante il Rinascimento nel 15 ° secolo in Italia. All'alba di una nuova era, una cospirazione viene tramata da una famiglia corrotta per rovesciare la potente famiglia dei Medici e distruggere un'Italia unificata. Come assassino, Giovanni deve affrontare questa minaccia e portare giustizia. La storia introduce la situazione prima di Assassin's Creed II e i nemici di entrambi i personaggi.